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Les communautés benthiques, supra-benthiques et ichtyologiques des marais littoraux du bassin d’Arcachon sont encore méconnues. Hors, la connaissance de la composition et de la distribution de ces communautés au sein des marais littoraux est primordiale afin d’évaluer l’importance de ces habitats. Une étude réalisée par la mission de création du PNM Arcachon, appréhende les fonctionnalités écologiques assurées par les différents habitats d’un marais littoral via la caractérisation des peuplements benthiques, supra-benthiques et ichtyologiques sur deux saisons.

Dans le cadre du projet MedPAN Nord, une étude transnationale méditerranéenne a été lancée sur la pêche de loisir dans les AMP. Cette étude, confiée à Josep Lloret de l'Université de Girone, a pour objectif de faire la synthèse des études scientifiques, réglementations et outils de gestion existants dans les AMP françaises, italiennes et espagnoles principalement (mais aussi dans les autres pays méditerranéens) et de proposer des recommandations à l'échelle du réseau.

Dans le cadre du réseau d'observateurs sous-marins de Bretagne et Pays de la Loire, la première opération d’observations initiée pendant l’été 2011, est l’Opération RHIZOMA : Réseau d’études des HIppocampes et des Zostères par des Observateurs sous-marins en Manche et Atlantique.

L’Ifremer et le Parc naturel marin d’Iroise ont mené, en août et septembre 2010, une campagne de marquage de bars, afin de mieux connaître cette espèce et de comprendre les déplacements individuels du bar et les échanges entre populations, notamment celles de la Manche et du golfe de Gascogne.

Depuis l'hiver 2004/05 un collectif s'est mis en place pour assurer le suivi des anatidés (canards), foulques et limicoles (petits échassiers), hivernants dans le golfe du Morbihan.

La RN de Cerbère-Banyuls vient de mettre en ligne plusieurs études scientifiques effectuées dans le périmètre de la réserve :

Le Ministère de l’Environnement, du Développement Durable et de la Mer (MEDDM) a confié à l’Agence des aires marines protégées (coordination) et à l’Ifremer (maîtrise d’œuvre technique), sous la responsabilité scientifique du Muséum National d’Histoire Naturelle, l’extension du Système d’Information sur la Nature et les Paysages (SINP) à l’espace maritime sous juridiction nationale (de la limite d’influence des marées en amont, jusqu’aux 200 milles marins au large).